Una de les principals amenaces de l’Espai Natural Protegit de l’Estany de Banyoles és l’entrada d’espècies exòtiques invasores, que poden alterar greument el seu ecosistema. Per combatre aquesta amenaça, és fonamental seguir un protocol de desinfecció d'embarcacions i equips. Aquestes mesures inclouen la neteja, assecat i inspecció de les embarcacions, remolcs i equips abans d’entrar en contacte amb l’aigua de l’Estany. 

Per més informació sobre la conservació de l'Estany de Banyoles, bones pràctiques i recomanacions per al Respecte de l'Entorn Natural consulta l'apartat de Sostenibilitat, pots accedir-hi directament clicant sobre "Sostenibilitat".